當地的飲食、飲水有A型肝炎傳染風險，台灣40歲以下民眾大部分沒有抗體，應考慮接種A肝疫苗或檢驗抗體，若要前往較偏僻或衛生條件較差的地區(如鄉村、叢林等)，可考慮接種傷寒疫苗。若會在鄉村地區、農場、水稻田或灌溉區工作，建議向醫師諮詢是否施打日本腦炎疫苗。前往當地從事醫療、人道救援活動，有機會前往醫療機構、難民營等場所的旅客，建議評估是否追加接種麻疹疫苗。

汶萊政府規定，旅客若來自受小兒麻痺症疫情影響(polio-affected countries, polio-exporting countries)之國家，均須出示小兒麻痺疫苗預防接種證明。

當地蝙蝠、犬、貓等哺乳動物都可能帶有狂犬病病毒，一般旅客建議遭溫血動物抓咬受傷再接種疫苗即可，但以下旅客感染風險較高，行前建議請醫師評估是否需要接種暴露前疫苗：

1. 頻繁接觸動物、從事動物相關工作的旅客(如獸醫、動物研究人員)。
2. 行程中無法避免遭動物抓咬(如露營、自行車旅遊、洞窟探勘等)。
3. 將前往當地偏僻、無法立即就醫地區的旅客。
4. 幼兒較容易受動物攻擊，若長期停留可考慮先接種疫苗。

暴露前預防接種需施打3劑疫苗，3劑之間需間隔至少21天，建議旅客至少提早1個月至旅醫門診諮詢。

汶萊重要流行疾病包含登革熱、日本腦炎、屈公病，預防蚊蟲叮咬是最有效的防範措施，以下幾點建議：

1. 戶外活動時，穿著淺色長袖衣褲、包鞋及長襪，儘量減少裸露部位。
2. 正確使用防蚊蟲劑:
   a. 選擇含敵避(DEET)成分的防蚊劑(兒童建議使用濃度15%以下產品。
   b. 在裸露部位使用防蚊劑，避免沾到眼、鼻等黏膜部位。
   c. 依照包裝說明按時補擦，如果流汗或遇水，應增加補擦的次數。
   d. 同時使用防曬油、防蚊劑，應先擦防曬，隔15分鐘再使用防蚊劑。
   e. 環境用防蚊液只能噴在衣物及物品(如紗窗、帳篷)上，不能用於人體。
3. 選擇有空調、紗窗的旅館，或懸掛蚊帳(確認無破洞)，必要時噴灑環境用殺蟲或防蚊劑。

A型肝炎主要是經由糞口途徑傳播，其傳染途徑包含攝入受污染的食物或水、人與人接觸傳染、血液傳染。當地的飲食、飲水有傳染風險，建議旅客接種疫苗。臺灣近年A型肝炎的發生率已大幅下降，30歲以下民眾大部分沒有抗體，應特別留意。A型肝炎疫苗的安全性及效益很高，完成2劑疫苗接種（間隔6至12個月），免疫力可維持20年以上；如有免疫功能不足者，可經醫師評估接種3劑，以建立長期的免疫力。