印尼鄰近巴布亞紐幾內亞之巴布亞省（位於新幾內亞島西部）目前發生疫苗衍生株小兒麻痺症病毒第1型疫情，世界衛生組織將印尼列為小兒麻痺症高風險國家。
未完成或接種史不明者，行前應提早至旅遊醫學門診補接種。如有兒童隨行，請務必確認兒童已依時程完成小兒麻痺疫苗預防接種。

如果您於印尼停留超過4週，印尼政府可能會要求您在出境時出示小兒麻痺疫苗預防接種證明。為了符合當地政府的要求，請您與醫師討論是否適合接種小兒麻痺疫苗，並建議於離開印尼之前4週至12個月內完成疫苗接種，接種證明記錄於國際預防接種證明書(黃皮書)中。

印尼全境、全年均有個案通報，包含峇里島(Bali)、婆羅洲(Kalimantan)、爪哇島(Java) 、 小巽他群島(Nusa Tenggara)、巴布亞省(Papua)及蘇門答臘(Sumatra)。

接種日本腦炎疫苗為預防日本腦炎的重要措施，欲前往日本腦炎高風險國家之旅客，若旅行時間大於一個月、戶外活動行程多、或會至鄉村、農業區、畜牧區旅遊者，建議施打疫苗，其餘防蚊策略，還包括：穿著淺色長袖衣褲、使用防蚊藥劑、使用蚊帳、避免於黎明和黃昏等病媒蚊活動高峰期，於豬(畜)舍及農田附近活動。

印尼每年自10月雨季，登革熱疫情開始上升，近年感染高峰期落於12月及1月之間。近來印尼登革熱疫情持續，分佈以西南部之西爪哇省為多，其中又以萬隆市(Bandung)最為嚴峻；該國近5年之全年病例約介於65,000至138,200例之間。目前國內尚無核准的登革熱疫苗，提醒旅客務必做好防蚊措施，如：穿著淺色長袖衣褲、使用防蚊藥劑、使用蚊帳，可避免病媒蚊叮咬，降低感染風險。
注意警訊症狀，如發燒、噁心嘔吐、頭痛、後眼窩痛、肌肉痛、關節痛及出疹，若有不適，請及早就醫。

印尼為茲卡病毒警示範圍，目前無疫苗可預防，提醒旅客遵守當地的一般預防措施。該疾病可由病媒蚊、輸血、性行為傳染，通常不至於造成重症或住院個案，但懷孕期間感染茲卡病毒可能導致胎兒小頭畸形或死亡；孕婦及計劃懷孕婦女如要前往請先諮詢醫師，並於當地務必全程做好防蚊措施。懷孕婦女如從流行地區返國，2週內出現疑似症狀，應儘速就醫並告知醫師相關暴露史，醫師將進行採檢送驗及胎兒超音波檢查。

除了雅加達、峇里島、爪哇市等都市、觀光景點及渡假村無感染風險外，東部省份(East Nusa Tenggara、Maluku、North Maluku、Papua、West Papua)全年有感染風險，其他省份的感染風險則較侷限部分區域。建議前往高風險區旅客採取防蚊措施，並請醫師評估是否需口服預防藥物。請注意相關警訊症狀，包括發燒、噁心嘔吐、頭痛、肌肉痛、關節痛，返國後1年內，如果出現疑似瘧疾症狀，應立刻就醫，並告知醫師曾到瘧疾流地區。

預防德國麻疹最有效的方法是接種疫苗，德國麻疹防治之目的，主要在預防孕婦在懷孕期間受到感染，而產下具先天性缺陷之後代。

印尼為白喉警示範圍，提醒旅客遵守當地的一般預防措施。預防白喉最有效的方法是疫苗注射，因白喉疫苗尚無法提供終生免疫的保護，建議旅客於出發前兩周向醫師諮詢追加接種一劑。

觀光客之罹病風險低。

高風險者包含：
於庇護所、醫院、監獄工作者，或長期駐外者。 高風險者可諮詢醫師，決定返國後是否接受潛伏性結核菌感染檢查(結核菌皮膚測試或丙型干擾素血液測驗)。

入境預防接種規定：
來自高風險國家年齡滿9個月以上或在高風險國家轉機停留超過12小時的旅客，皆必須出示黃熱病疫苗預防接種證明書，證明書自接種後第10天生效，終身有效，2016年7月11日前核發的證明書，不受原註記之10年有效日期限制。如果您預計經由其他疫區國家入境當地，須提早接種疫苗。若無法提供效期內的黃熱病疫苗預防接種證明書，旅客將會被禁止入境。

當地預防接種建議：
境內無感染風險，無特別預防接種之建議。

當地蝙蝠、犬、貓等哺乳動物都可能帶有狂犬病病毒，一般旅客建議遭溫血動物抓咬受傷再接種疫苗即可，但以下高感染風險之旅客，行前建議請醫師評估是否需要接種暴露前疫苗：

1. 頻繁接觸動物、從事動物相關工作的旅客(如獸醫、動物研究人員)。
2. 行程中無法避免遭動物抓咬(如露營、自行車旅遊、洞窟探勘等)。
3. 將前往當地偏僻、無法立即就醫地區的旅客。
4. 幼兒較容易受動物攻擊，若長期停留可考慮先接種疫苗。

印尼94%行政區皆曾有病例發生，於2021/6曾出現疑似個案，當局已進行病例追蹤，持續調查個案樣本。當局也呼籲民眾應正確烹煮肉品及畜主應注意牛隻健康狀況。

預防方法：對於炭疽病的控制，以阻斷感染源為主：動物遺體應適當處置，對於污染的各類用具、廢棄物應正確消毒、除污後，妥善處置。

為新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)，一種冠狀病毒(CoV)所引起的疾病。世界衛生組織將新型冠狀病毒所致的疾病正式命名為COVID-19 (coronavirus disease 2019)。建議的預防措施與流感相同，包括接種疫苗、勤洗手、妥善處理口鼻分泌物等等。印尼自2022年3月2日起實施以下COVID-19入境防疫措施：
一、 所有旅客不分國籍入境後均須入住印尼政府指定之防疫旅館檢疫隔離：

1. 已接種兩劑疫苗及已接種第三劑加強劑之國際旅客，均檢疫隔離3天（3天2夜），並於隔離第3天進行第二次PCR篩檢；

2. 僅接種一劑或不適合接種疫苗者仍須檢疫隔離7天（7天6夜），並於隔離第6天進行第二次PCR篩檢。

3. 印尼政府指定防疫旅館清單請參考連結(https://www.roc-taiwan.org/uploads/sites/59/2020/02/Update-72-Hotel-Karantina_20211019.pdf)，相關入住及費用事宜請逕洽詢旅館。

4. 印尼移工、學生及印尼政府官員入住防疫旅館及二次篩檢之費用由印尼政府負擔，其他印尼籍人士及所有外國籍旅客需自費。

5. PCR篩檢結果為陽性者，須入院治療，印尼籍人士由印尼政府負擔費用，外籍人士須自費。

6. 完成隔離檢疫且兩次PCR篩檢均為陰性者，始得進入印尼社區，惟仍建議旅客另行居家隔離14天。

印尼的COVID-19專區：https://infeksiemerging.kemkes.go.id/

印尼屬熱帶赤道海洋型氣候，終年炎熱如夏，平均氣溫因地形而異，沿海平原為28-34℃，內陸山區為26-28℃，高山區為23-25℃。

熱疾病的預防：避開最熱的午間時段(上午11時到下午3時)、穿著適當服裝和防曬、補充水份及電解質。

一般日常防曬建議SPF 15以上的產品，日間戶外活動則建議SPF 30以上的產品。