馬來西亞沙巴州(Sabah state) 於2019年12月確診疫苗衍生株小兒麻痺病毒第1型之個案，欲前往馬來西亞的旅客，建議確認小兒麻痺常規疫苗接種狀況，尚未完成小兒麻痺常規疫苗接種之兒童或成人請務必依時程完成接種。

馬來西亞近年來以砂拉越州(Sarawak)為主要疫區，其他州多為零星病例。全年均有風險，而砂拉越州之疫情高峰期為10月至12月。馬來西亞吉打州曾於2021年11月宣布疫情爆發，該州截至2021年11月25日累計報告共10例病例，其中3例死亡，病例數較去年同期8例為多。當局已進行主動病例檢測及清除孳生源等措施。

防蚊策略如：
穿著淺色長袖衣褲、使用防蚊藥劑、使用蚊帳、避免於黎明和黃昏等病媒蚊活動高峰期，於豬(畜)舍及農田附近活動。若旅行時間大於一個月、戶外活動行程多、至鄉村、農業區、畜牧區旅遊，則建議施打疫苗。

據2022年1月5日馬來西亞衛生部資料，馬來西亞持續每週新增約30例病例，截至2021年12月18日累計報告近1,400例，低於2020年同期，惟高於2018-19年同期。近年來東南亞國家，皆有屈公病疫情發生。屈公病目前沒有疫苗，主要的預防方式為預防蚊蟲叮咬(穿著淺色長袖衣褲、使用防蚊藥劑、使用蚊帳)。有慢性病及懷孕晚期的婦女，有較高風險產生嚴重疾病，於疾病流行期應避免前往。請注意相關警訊症狀，包括發燒、噁心嘔吐、頭痛、肌肉痛、關節痛(特別是手腳的小關節、手腕和腳踝)及出疹，若有以上不適，請及早就醫並告知醫師相關旅遊史。

馬來西亞疫情曾於2020年4月中上升，多來自西海岸中部雪蘭莪州(Selangor)；截至2020年5月28日累計共46,200餘例，至少77例死亡，病例數高於2018年同期，惟較去年同期約51,000例為低。目前國內尚無核准的登革熱疫苗，提醒旅客務必做好防蚊措施，如：穿著淺色長袖衣褲、使用防蚊藥劑、使用蚊帳，可避免病媒蚊叮咬，降低感染風險。
注意警訊症狀，如發燒、噁心嘔吐、頭痛、後眼窩痛、肌肉痛、關節痛及出疹，若有不適，請及早就醫。

目前無疫苗可預防，提醒旅客遵守當地的一般預防措施。該疾病可由病媒蚊、輸血、性行為傳染，通常不至於造成重症或住院個案，但懷孕期間感染茲卡病毒可能導致胎兒小頭畸形或死亡；孕婦及計劃懷孕婦女如要前往請先諮詢醫師，並於當地務必全程做好防蚊措施。懷孕婦女如從流行地區返國，2週內出現疑似症狀，應儘速就醫並告知醫師相關暴露史，醫師將進行採檢送驗及胎兒超音波檢查。

市區、都市近郊及沿海地區無感染風險，感染風險侷限在沙巴內陸地區、沙勞越內陸地區及馬來半島中部地區。建議前往前述風險區旅客採取防蚊措施，並請醫師評估是否需口服預防藥物。另當地瘧原蟲對氯奎寧(chloroquine)有抗藥性，請選擇其他合適之瘧疾預防藥物。請注意相關警訊症狀，包括發燒、噁心嘔吐、頭痛、肌肉痛、關節痛，返國後1年內，如果出現疑似瘧疾症狀，應立刻就醫，並告知醫師曾到瘧疾流地區。

馬來西亞近年病例數呈指數增長，2018年累計近2,000例確診，約為2013年10倍，其中未接種疫苗之病例比例逐年增加至2018年76%。該國近3年發病率為50-60例/10萬人。如有兒童隨行，請務必確認兒童已依時程完成麻疹腮腺炎德國麻疹混合疫苗(MMR)預防接種；一般民眾可於出發前兩周向醫師諮詢疫苗接種，特別建議1981年後出生的成人，可自費接種MMR疫苗。
請注意相關警訊症狀，包括前驅症狀-發燒、鼻炎、結膜炎、咳嗽和在發燒3-4天後口腔下臼齒對面內頰側黏膜上出現柯氏斑點（Koplik spots），紅疹-柯氏斑點出現24-48小時後斑丘疹出現於耳後，再由臉擴散至軀幹四肢。若有上述不適症狀，請及早就醫，並告知相關旅遊史。

高風險之旅客可於行前諮詢醫師，決定是否使用自費暴露愛滋病毒前預防性投藥(PrEP)。

預防愛滋最重要的仍是做好安全性行為及相關防護措施，如不參加轟趴、性派對或有多重性伴侶、不共用針具、不使用毒品、定期篩檢等，以降低感染風險。

高感染風險之旅客，行前建議請醫師評估是否需要接種暴露前疫苗：
1.頻繁接觸動物、從事動物相關工作的旅客(如獸醫、動物研究人員)。
2.行程中無法避免遭動物抓咬(如露營、自行車旅遊、洞窟探勘等)。

3.將前往當地偏僻、無法立即就醫地區的旅客。

4.幼兒較容易受動物攻擊，若長期停留可考慮先接種疫苗。

暴露前預防接種需施打3劑疫苗，3劑之間需間隔至少21天，建議旅客至少提早1個月至旅醫門診諮詢。
注意警訊症狀，包括初期症狀非特異性(如感冒症狀、頭痛等)，抓咬傷部位異樣感，之後陸續出現吞嚥困難以致於引起恐水之現象（故又稱恐水症）、精神錯亂及抽搐等現象。如果不採取任何醫療措施，患者常在2~6天內因呼吸麻痺而死亡。

當地有感染血吸蟲的風險，請注意：

1. 避免接觸河流、湖泊、池塘等淡水水域。
2. 使用河水、湖水洗澡或洗衣，建議添加氯錠消毒，或在乾淨容器至少儲放2天再使用。
3. 如不慎碰觸淡水，請立即用酒精和乾毛巾大力擦拭皮膚，減低感染風險。

馬來西亞疫情自2021年9月達高峰後趨緩，當局擴大40歲以上族群接種加強劑疫苗。嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)為新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)，一種冠狀病毒(CoV)所引起的疾病。世界衛生組織將新型冠狀病毒所致的疾病正式命名為COVID-19 (coronavirus disease 2019)。

大部分的人類冠狀病毒以直接接觸帶有病毒的分泌物或飛沫傳染為主。有部分動物的冠狀病毒會讓動物出現腹瀉症狀，可以在糞便當中找到病毒，可能藉此造成病毒傳播，建議的預防措施與流感相同，包括接種疫苗、勤洗手、妥善處理口鼻分泌物等等。

馬來西亞的COVID-19專區：https://www.doctoroncall.com.my/coronavirus
馬來西亞公布自2022年1月24日起生效之隔離措施：

(一)已接種加強針者，隔離5天；

(二)未接種加強針但已完成疫苗接種者，隔離7天；

(三)未完成疫苗接種者，隔離10天；

(四)隔離結束前2天進行PCR檢測，或於隔離結束當天進行抗原快速檢測試劑（RTK-Ag）檢測。倘檢測結果為陰性，可解除隔離。

東馬砂拉越州災難管理委員會於1月26日宣布，該州對於隔離天數之規定與聯邦政府相同。

馬來西亞屬熱帶海洋性氣候，平地年均溫介於25-31℃，內地山區則介於22-28℃間。年平均雨量高，相對濕度平均高達80至85%。

熱疾病的預防：
避開最熱的午間時段(上午11時到下午3時)、穿著適當服裝和防曬、補充水份及電解質。

一般日常防曬建議SPF 15以上的產品，日間戶外活動則建議SPF 30以上的產品。